Cũng như những người anh em khác của mình, ông bắt đầu mang họ Ái Tân Giác La[12] sau năm 1616, như một hình thức xác nhận huyết thống trực hệ của Nỗ Nhĩ Cáp Xích. Hầu hết trong các sách sử Trung Quốc đều thống nhất chép tên ông là Hoàng Thái Cực. Tuy nhiên, nhiều nhà nghiên cứu cho rằng tên gọi Hoàng Thái Cực chỉ được đặt ra về sau này, khi con cháu nhà Thanh muốn nêu bật vai trò chính danh của ông trong việc kế thừa ngôi vị Hoàng đế. Củng cố giả thuyết này, các tài liệu điển tịch Hán ngữ thời Thanh Sơ thường chép tên Hoàng Thái Cực là Hoàng Thai Kê (黄台鸡)[13] hoặc Hoàng Thai Cát (黄台吉). Mãi đến thời Thanh Cao Tông, tài liệu chính thống mới chép là Hoàng Thái Cực[14]

Theo W. Scott Morton và C.M. Lewis, phiên âm tên Mãn của ông là Abahai[6] hoặc "Abahay".[3] Rất nhiều tài liệu phương Tây ghi lại điều sai lầm này.[15] Các tài liệu Trung Quốc, thường phiên âm ngược tên gọi này thành A Ba Hải (阿巴海), hoặc A Bột Hải (阿渤海). Tuy nhiên, các nhà sử học Trung Quốc hiện đại đã xác nhận đây là một sự nhầm lẫn giữa Hoàng Thái Cực với một mẹ kế của ông ta, tên là Abahai, được sử Trung Quốc ghi lại tên là A Ba Hợi (阿巴亥).

Một thuyết khác của các nhà nghiên cứu Trung Quốc cho rằng tên thật của ông là Hắc Hoàn Bột Liệt (黑还勃烈). Thuyết này được xem là có nhiều khả năng nhất, dựa trên sự biến âm rút gọn từ tiếng Mông Cổ sang Hán ngữ. Theo đó, đầu tiên, âm Hắc Hoàn (黑还) chuyển âm Hán là Hoàng (黄), tên ông trở thành Hoàng Bột Liệt (黄勃烈). Củng cố cho thuyết này là thuyết cho rằng phiên âm của từ Bột liệt thực chất xuất phát của từ Beile theo cách phát âm Mông Cổ, mà về sau được phiên âm là Bối lặc (贝勒) theo cách phát âm Mãn. Tương tự, phiên âm của từ Thai cát từ Hošoi theo cách phát âm Mông Cổ, về sau phiên âm là Hòa thạc (和碩) theo cách phát âm Mãn.

Nói cách khác, thuyết này cho rằng Hoàng Thái Cực tên thật là Hắc Hoàn (黑还, có lẽ phiên từ âm Heihai), sau được rút gọn phiên âm Hán Việt thành lại là Hoàng. Lúc nhỏ, danh hiệu của ông là Hoàng Bối lặc, đến lúc thanh niên thì gọi là Hoàng Thai cát. Về sau con cháu ông mới chép thành danh xưng Hoàng Thái Cực.